29 марта 2007 года на заседании Священного Синода Украинской Православной Церкви было принято решение о разделе Запорожской епархии на две самостоятельные: Запорожскую и Бердянскую (Журнал № 33).
В составе Запорожской епархии остались г. Запорожье и Запорожский район, и следующие благочиния: Мелитопольское, Васильевское, Днепроруднинское, Веселовское, Новониколаевское, Ореховское, Вольнянское, Воднянское. Управляющим Запорожской кафедрой был Высокопреосвященнейший Василий (Златолинский), ныне на покое (с 14 апреля 2009).
В состав Бердянской епархии вошли такие благочиния: Бердянское, Куйбышевское, Пологовское, Приморское, Токмакское, Нововасильевское, Гуляйпольское, Черниговское. Правящему архиерею Запорожской епархии остался титул «Запорожский и Мелитопольский»; управляющий Бердянской епархией стал именоваться «Бердянским и Приморским». Управляющим Бердянской епархией был назначен Преосвященнейший епископ Макеевский Варнава (Филатов), викарий Донецкой епархии.
18 октября 2007 года на заседании Священного Синода Украинской Православной Церкви принято решение о назначении Преосвященнейшего Елисея (Иванова), епископа Амвросиевского, викария Донецкой епархии епископом Бердянским и Приморским, а епископ Варнава (Филатов) был назначен епископом Макеевским.
Решением Священного Синода УПЦ от 18 апреля 2008 года в состав Бердянской епархии включены Приазовский и Акимовский районы Запорожской области, изъятые из состава Запорожской епархии.
Решением Священного Синода УПЦ от 14 апреля 2009 года (журнал № 19) из состава Запорожской епархии выведен и включён в состав Бердянской епархии Васильевский район Запорожской области.
08 мая 2012 года решением Священного Синода Преосвященнейший епископ Елисей (Иванов) назначен управляющим новообразованной Изюмской и Купянской епархией, а Высокопреосвященнейший архиепископ Запорожский и Мелитопольский Лука (Коваленко) назначен временно управляющим Бердянской и Приморской епархией (журнал №45).
20 июля 2012 года решением Священного Синода УПЦ Высокопреосвященнейший Архиепископ Запорожский и Мелитопольский Лука (Коваленко) освобожден от временного управления Бердянской епархией, а епископом Бердянским и Приморским определено было быть архимандриту Ефрему (Яринко).
05 августа 2012 года в Свято-Николаевском соборе Свято-Покровского женского монастыря г. Киева Блаженнейшим Митрополитом Киевским и всея Украины Владимиром хиротонисан в сан епископа.
Священный Синод Русской Православной Церкви на заседании 16 мая 2023 г. (журнал № 30) в связи с фактическим оставлением митрополитом Бердянским и Приморским Ефремом своей кафедры и отсутствием возможности для беспрепятственного урегулирования положения Бердянской епархии Синодом Украинской Православной Церкви, в ответ на обращение духовенства Бердянской епархии постановил:
- Принять Бердянскую епархию в непосредственное каноническое и административное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси и Священному Синоду Русской Православной Церкви с последующим вынесением данного решения на рассмотрение Архиерейского Собора.
- Констатировать, что Бердянская епархия, вследствие изложенных выше обстоятельств, оказалась лишена епархиального архиерея.
- Преосвященным Бронницким, викарием Святейшего Патриарха Московского и всея Руси, быть епископу Искитимскому и Черепановскому Луке с освобождением его от управления Искитимской епархией, выражением благодарности за понесенные труды и поручением ему управления Бердянской епархией.
Священным Синодом Русской Православной Церкви на заседании 12 марта 2024 года принято решение о расширении границ Бердянской епархии, а также назначении нового Управляющего.
ЖУРНАЛ №7
1. Поручить временное управление приходами и обителями на территориях Весёловского, Каменско-Днепровского, Мелитопольского и Михайловского районов, а также городов Мелитополь и Энергодар Запорожской области Преосвященному, управляющему Бердянской епархией.
2. С целью их государственной регистрации в качестве религиозных организаций приписать упомянутые приходы и обители к Бердянской епархии.
ЖУРНАЛ № 11
3. Преосвященным Биробиджанским и Кульдурским быть Преосвященному епископу Бронницкому Луке с освобождением его от управления Бердянской епархией и выражением благодарности за понесенные труды.
4. Преосвященным Бердянским и Приморским быть Преосвященному епископу Алатырскому и Порецкому Феодору с освобождением его от управления Алатырской епархией и выражением благодарности за понесенные труды.